De indendørs skal stå lyst men køligt, det gælder især bonsai fra middelhavslandene. Et køligt soveværelse eller værksted vil være velegnet. Det gælder om, at der er så meget lys som muligt, samtidig med at der er køligt.

For de udendørs gælder det at de skal beskyttes mod for barsk vintervejr. Problemerne er: For meget regn, for meget blæst, stærk kulde og sol på en gang, især de stedsegrønne er udsatte.

Den største fare er, at rodklumpen er frossen samtidig med, at solen får saften til at stige, og står en bonsai udsat for blæst forstærkes fordampningen. Så vil træet ikke have mulighed for suge vand op, til erstatning for den fordampning der sker, og træet lider tørkedøden.

Man kan sætte træerne under bonsaihylderne og dække over med plastik.

Man kan lave en tunnel af buer med plastik over.

Man kan sætte dem i et udhus, hvor man skal huske, at de stedsegrønne skal have lys fra et vindue.

Man kan sætte dem under et halvtag eller i en carport.

Man kan som den bedste løsning sætte dem i et drivhus, hvis man har mulighed det.

Det man skal huske er, at hvis en bonsai står under tag, så skal man selv sørge for den nødvendige vanding. De løvfældende skal bare holdes fugtige, da de jo ikke bruger vand, når de ikke har blade. De stedsegrønne skal have den mængde vand, de har brug for, da fotosyntesen også er i gang om vinteren. Hvis man har bonsai i drivhuset, skal man kun lukke døren, når det er meget koldt med frost. Og man skal sørge for at skygge for solen, så man ikke får sat gang i træet for tidligt.