Bonsaidyrkning er en meget gammel kunstform med rødder i det fjerne østen. Fra Indien er der vidnesbyrd om træer dyrket i krukker før kristi fødsel, men det er i Kina bonsaikunsten, som vi kender den i dag, tog sin begyndelse.

Allerede for 2000 år siden er der beretninger om dyrkede træer og landskaber i krukker. Fra bjergene hjembragte man små forkrøblede træer, der var holdt nede af naturens kræfter, men smukke og karakterfyldte. Disse blev plantet i små skåle, og kan vel kaldes naturens egne bonsai. I Kina udviklede dyrkningsmetoder og formgivningen af bonsai sig, og nåede det vi kender som kinesiske bonsai i dag, for ca. 100 år siden.

Som led i kulturudveksling og buddhismens udbredelse, nåede kendskabet til bonsaidyrkning, til Japan i det 11. århundrede. I Japan er kunsten at dyrke bonsai blevet forfinet, og har i dag et meget højt stade.

I starten af 1900 tallet fik Europa set bonsaitræer på udstillinger, men det slog ikke an. Først efter anden verdenskrig, blev bonsai udbredt i vesten, og både i USA og Europa er det nu udbredt, og der dyrkes bonsai på et højt niveau.